久而久之，道同郁积不平之气，分条陈述朱亮祖的坏事上奏朝廷。道同的奏章没到，朱亮祖揭发道同讥讽傲慢无理的情况的奏章先到了。皇帝不知其中的原因，于是派使臣诛杀道同。正赶上道同的奏章也到了，皇帝才明白了，认为道同的职位很低，却敢于指出大臣不法的事，他这个人耿直可用，又派使臣宽恕道同。两个使臣同一天到这番禺，后面的使臣刚到，道同已经被杀了。

不久之后朱元璋终于知道自己冤杀了一个忠臣大怒之下，抓了朱亮祖了当着满朝文武大臣的面，将朱亮祖与他的儿子朱暹活活鞭死在殿前，这还不解气，朱元璋下令将参与此事的恶霸全部杀死。他念及朱亮祖有功，给他留了全尸，但其他人就没有这么好运气了，朱暹等人的皮都被剥了下来，悬挂在闹市，供众人参观，以为后世警戒。

经此以后，朱元璋创建了大量的刑罚，其刑罚的残酷程度，超过了以往的任何朝代。《唐律》已废止了古代墨、劓、非、宫、大辟五刑，而代之以笞、杖、徒、流、死（斩、绞）五刑。《大明律》除规定以上后五种刑罚外，还动用了残酷的凌迟、黥刺、挑膝盖、剁指、刖足、非、劓、阉割、锡蛇游、刷洗、枭令、称竿、抽肠、剥皮等酷刑，并经常使用连坐族诛之刑，诛连三族、九族。由于惩处过于严酷，从洪武元年到十九年，竟然没有一位官员做到任期期满的，往往未及终考就遭到贬黜或被杀头。因杀官太多，以至有些地方衙门无人办公，朱元璋不得不实行“戴死罪、徒流还职”的办法，叫判刑后的犯罪官吏，带着镣铐回到公堂办公。此时一听朱元璋要这三人，萧云心中涌起了一丝不忍，正犹豫着，一旁的蓝玉突然闪身走了过来，负在耳旁轻轻耳语道：“大人不可心慈面软，殊不知伴君如伴虎！况且，你这三人眼神，大人以为你为他等求情，你以为他会因此感激罢休么？”

萧云身子一怔，伴君与伴虎，若说在这之前，萧云对这句话并不会在意，毕竟是来自二十一世纪的人，君主观念并不是那么强烈，但此时此刻他可不那么看了，尤其对着朱元璋，他更是丝毫的不敢马虎，深知这位未来皇帝的帝王心思的可怕，闻言点了点头，转脸对郭英道：“郭将军客气了，既国公有令，本官自当遵从！”

郭英道了声谢，一挥手身后兵卒立马上前推送着三人下了鸡鸣寺，此时三人毫无生气，宛如三条死狗。

想到他们三人的命运，萧云长叹了声，摇了摇头在众人众星捧月般的拥护下，下了鸡鸣寺，回到应天后对考虑到事先没有对朱元璋严明这一切，怕他怪罪。便在回来的路上，将这些时日的情形，以及鸡鸣寺的抓捕一一跟郭英说了一遍，随后才拉着小郡主、小蝶、谢兰兰一同回了自己的府邸。

关于朱元璋剥皮刑法，其实朱亮祖虽然是第一个，但并不是最后一个，比起后来的蓝玉要好多了。

朱元璋对各地官员责治甚严，若有官员贪污暴虐，准许百姓赴京诉冤。官员贪污的数额在六十两白银以上的，就要处以死刑，杀头后还要枭首示众，并且剥下他的皮，皮里填上草，把这“人皮草袋”置于衙门里官座旁边，让后任官员触目惊心，起警戒作用。府州县衙附近，都要设立一座厅堂，祭礼土地神，若需要对某人实行剥皮就在这里执行，因此这座厅堂便叫做“皮场庙”1。洪武年间，宫中的太监犯了死罪应当处死者，一般都不用斩首，而是凌迟或者剥皮。朱元璋的宫禁甚严，太监如果有娶妻者，也要处以剥皮之刑：明初开国功臣蓝玉被处死之后也剥了皮，朱元璋还下令把他的皮传示各省。因为蓝玉的女儿是蜀王妃，蜀王朱椿就把蓝玉的皮保存下来。明末张献忠占领成都时，他看见端礼门楼上供着一尊人像，穿着公侯的华服，皮肤和手脚都是人的肉身，一打听，才知道这就是蓝玉。