然而一切都晚了，使者回来复命称道同已死。朱元璋仔细一想，不大对劲，照常理推算，前道命令应当能够追回，他知道一定是朱亮祖从中捣了鬼。这时，他对朱亮祖的怒火已经不可遏抑了，便再次派人赴广东捉拿朱亮祖及其子广东卫指挥使朱暹进京。
洪武十三年九月初三，朱亮祖父子被押到南京。一见朱元璋满脸怒气，朱亮祖立刻跪了下去，膝行向前，不住地以头撞地，请求宽恕。朱元璋未听其分辨，便命武士对其进行鞭打。武士们也知道，朱元璋这次要的是死的，都暗暗加重了力度，不一会儿，朱亮祖父子便血肉横飞，气绝身亡。这是朱元璋杀的第一个贪官，此后他一发不可收拾，纵观朱元璋这一切，小景认为，这都是源自他起自民间，目睹元末政治、官贪吏残的情形，深恨贪官污吏蠢政害民，因而于建国之后，乃大力整顿吏治，不仅设立章程，禁止官吏玩忽职守，不务公而务私，并且制定严刑峻法，用以制裁贪官污吏，纠正贪墨之风。当时法令规定，凡是发现有贪赃害民的官吏，百姓可以直接擒拿送至京师。若是有敢阻挡者，即行灭家灭族。凡是监守自盗仓库钱粮等物者，若赃至六十两银子以上者，乃枭首示众，并处以剥皮之刑。当时府、州、县衙门左面皆特立一庙，用来祭祀土地神，即是剥皮的场所，称为皮场庙。又官府公座两旁，各悬挂一个塞满草的人皮袋，使坐堂官吏触目惊心。朱元璋称帝三十余年间，先后惩办了不少贪官污吏。如仅在洪武九年（1376年），将有罪官吏发往安微风阳屯田者，即至万余人。在其所处理的一系列贪污案件中，最为突出的是郭桓案。郭桓官至户部侍郎，征收浙西秋粮贪赃枉法，洪武十八年（1385年）事发，结果被追赃粮七百万石，六部左、右侍郎以下的官均被处死，供词牵连到各布政司的官吏，被杀者又有数万人，追赃还牵连到全国许多富户，以致中产之家大抵皆破产。像这样地使用严刑峻法惩治贪官污吏和如此大规模地诛杀贪官污吏，可以说从古以来所未有。朱元璋大张旗鼓地雷厉风行地重惩贪吏，这对于杀减贪风，改良吏治，的确起到了一定作用。
不过应当指出，朱元璋并不能彻底消除贪污现象。一面，朱元璋不断地诛杀贪官；一面，贪赃枉法行为又在时时发生，最后弄得朱元璋也十分苦恼，大为叹息不止。此外，还应指出，朱元璋对待贪官用法过严，酷刑肆杀，株连众多，甚至妄兴大狱，任意杀人，又是为了建立君主的威权，表现了封建主义的极端残酷。如有所谓空印案，便是朱元璋大逞淫威的一例。当时每年各布政司及府州县都要派上计吏到户部，报告地方钱粮、军需等事，凡报册上钱粮之数，必须与部所定数字完全吻合，若有分、毫、升、合对不起来，整个报册便被驳回，重新造册需要盖印，上计吏往返奔走，往往非经年不可。因此，上计吏赴户部皆预持空印文书（即盖上官印的空白文册）。如果遇到部驳，即随时填改，这种做法习以为常。但到洪武九年（1376年），朱元璋忽然发觉此事，以为官吏必用空印文书作好舞弊，即下令将各地方衙门主印长官一律处死，并将佐式官杖一百充军边地。其实上计吏所携空印文书盖的是骑缝印，不能作别的用途，非一印一纸可比，这个道理尽人皆知。此案发生后，有人曾冒死上书说明事情真相，而朱元璋全然不顾，仍旧武断杀人。
在中国历代皇帝中，肯在整肃吏治、惩治上下大工夫者，朱元璋当是其一。他出身贫苦，造反起家，自幼饱尝过元朝官吏的压榨欺凌之苦，恨透了贪官污吏。基于此，他在登基掌权后，立即大刀阔斧，多管齐下地整肃吏治，以防止新王朝的腐化。
一曰，训话诫勉。朱元璋在地方官员上任之前，总要找他们谈一次话，讲如何正确对待低收入，如何抵御贪污受贿的诱惑。他说，老老实实守住自己薪俸过日子，就好像守住井底之泉。井虽不满，却可以每天汲水，泉水不会干。搜刮民财，闹得民怨沸腾，一旦事发，受牢狱之刑，服劳役之苦，甚至家破人亡，贪污受贿得来的钱财也非属己有。所以不干净的钱毫无益处。他告诫官员们：“朕行先教后诛，不是不教而诛。尔等若是不听话，硬是要贪，那就只有死路一条了。”他还花了两年时间编成《大诰》一书，辑录大量惩治贪污受贿的条例，要求广泛宣传。洪武二十五年，又编《醒贪简要录》，颁布全国以警戒官员。
二曰，奖掖清官。出使高丽的使臣符宝郎锲斯，任内不收该国馈赠，朱元璋亲笔为其题词：“不辱使命，廉洁可风”，以此勉励他。苏州知府王兴宗、杭州知府王兴福都因廉洁奉公受到朱元璋的嘉奖，并得到提拔重用。
三曰，监督考核。洪武十五年，朱元璋把中央的监察机关御史台改为都察院，下设十三道监察御吏。都察院的职权是纠察百官，十三道监察御吏在朝监督一切官僚机构，代表皇帝出巡，按临所至，小事立断，大事可直接奏请皇帝裁决。此外，中央还设有六科给事中，负责监督六部官吏，并与都察院互相纠举。监察是不定期的检查，考核则是定期的检查。朱元璋亲自组织制定了各级官员的《到任须知》、《责任条例》、《诸司职掌》等，一条一条规定各级官员的任务和责任，并定期逐级考核，作为奖惩升降官员的依据。
四曰，鼓励举报。朱元璋布告全国，鼓励百姓举报有贪污行为的地方官员，甚至可以将贪官捉住赴京控告。常熟县一县民陈寿六将贪赃县官擒拿赴京，朱元璋大加嘉奖还特意告诫，不准对陈寿六打击报复。
五曰，重刑惩治。朱元璋下决心肃清贪污受贿，规定官吏贪赃满六十两者，一律处死，还以挑筋、断指、削膝盖、断手等酷刑对贪官加以严惩，甚至推出“剥皮实草”的极刑，把那些被判死刑的贪官拉到“皮场庙”去生扒活剥，皮剥下后填上稻草、石灰，做成“臭皮统”，挂在贪官任职的公座之旁，用以警告继任的官员。洪武一朝是历史上封建政权对进行斗争最猛烈、杀戮贪官污吏最多的时期。
应该说，朱元璋为清除、整肃吏治而采取多管齐下的措施，其用心不可谓不良苦，决心不可谓不坚决，设想不可谓不周密，刑罚不可谓不严酷。这些做法，尽管朱元璋在世时确实也收到一定效果，但并未能从根本上遏制住贪污受贿现象的蔓延。朱元璋苦口婆心地对官员们的训诫谈话，只是对新任官员还起点作用，任职时间一长就成了耳边风。官员做官时间越长，自律能力就越弱，直到完全堕落。洪武18年，朱元璋慨叹道：“朕自即位以来，法古命官，布列华‘夷’。岂期擢用之时，并效忠良，任用既久，俱系奸贪。”朱元璋对他方官员实行监察考核制度，应该说是个比较好的制度。刚开始尚行之有效，但到后来，渐渐也变成了表面文章，走走过场而已。特别让朱元璋大伤脑筋的是，他专门设置的用以监督各级官吏行为的都察院御吏和六科给事中的官员也不自爱自重，存在不同程度的贪污受贿劣迹。朱元璋用重刑惩治违法官吏，尽管杀了多少万人，效果也是不大，贪官污吏依然是前仆后继，杀不完，斩不尽，气得朱元璋捶胸顿足，说：“我欲除贪赃官吏，奈何朝杀而暮犯？”
“奈何朝杀而暮犯”，这是一个历史性的课题。权力对一般人都具有强烈的腐蚀作用。特别是在高度集中的皇权下，下级官员对上级官员的人身依附是不可能避免的。而在人身依附下，又是很难建立起完备有效的权力监督和制约机制的。不可能放弃皇权的朱元璋又怎么能真正解决问题呢？