事件二十八:火箭队残党同样想捕捉水君,为了阻止这次行动,水晶和米那君联合行动。米那君阻挡了火箭队的中队长们,水晶则在玲玲塔再次遇到了水君。
事件二十九:水晶捕获水君失败,修行后,菊草叶进化成了月桂叶。
事件三十:水君挑战浅红市道馆首领阿杏胜利,水君挑战桧皮镇道馆首领阿笔胜利。
事件三十一:桔梗市道馆首领阿速遇到了雷公炎帝水君在三只精灵交换情报,想其挑战并战败。
事件三十二:马志士调查聚集火箭队残余分子的幕后主使,并在乔基镇的地底下遇到了假面人。马志士向假面人挑战,最后失败,逃走了。
事件三十三:马志士在愤怒之湖发现了湖底冻成冰块的红色暴鲤龙和旅游行李。
事件三十四:水晶在浅葱市与小黄相遇,并准备去漩涡列岛调查九年前的大鸟事件。
事件三十五:精灵理事拜访乔基道馆首领的古柳老人,古柳老人展示了远超过其他首领的精灵技巧。
事件三十六:马志士调查到行李主人所在的地点在漩涡列岛,也往漩涡列岛前进。本文剧情衔接点
事件三十七:金银在漩涡列岛苏醒,根据回忆似乎是炎帝救了他们。
事件三十八:马志士找到了金银,并将行李还给他们以获取假面人的情报。
事件三十九:洛奇亚袭来,打断了水晶和小黄乘坐的渔船。金银救下水晶,城都图鉴三人在此集合,并合力对抗洛奇亚。金得到了巨翅飞鱼,并且月桂叶,蓝鳄和火岩鼠纷纷进化成最终形态。
事件四十:洛奇亚被假面人抢先捕捉。
事件四十一:银独自离开,并通过漩涡列岛的暗道找到了渡。
事件四十二:水君找到了小霞认其为主人,告诉小霞有着巨大的阴谋正准备展开,想和小霞一同作战。
事件四十三:为了不让徽章的力量像以前一样遭到利用,精灵联盟定下了“得到八个徽章之后无条件参加精灵联盟总决赛的权利”,联盟大赛逐渐走向改革。同时,精灵联盟调查发现假面人其实是道馆首领之一,为了找到假面人的真面目,联盟将所有道馆首领集合在了石英高原举办了对抗赛。
事件四十四:精灵联盟暗中拜托大木博士推荐的金和水晶在现场调查假面人的真面目。
事件四十五:炎帝与夏伯一起作战,雷公与马志士一起作战。
事件四十六:银从渡那里得知假面人真正的目的是操纵时间。赶到石英高原后却被小蓝用瞬间移动强制送走。
事件四十七:火箭队残党袭击石英高原,为了防止现场混乱,道馆首领把残党们压制进了磁悬浮列车中,但是却被突然发动列车带着离开了石英高原。
事件四十八:假面人捕捉凤王成功,并趁着训练馆首领被带走的瞬间操纵洛奇亚和凤王袭击石英高原。
事件四十九:金和水晶奋力抵抗,却被打败。假面人夺走了钢铁先生的制球秘籍,准备利用彩虹羽毛和银色羽毛制作“捕捉时间的精灵球”(和tv动画的gs球差不多)。
事件五十:马志士小霞夏伯操纵着雷公水君炎帝对抗假面人,假面人无心恋战,直接逃跑飞往桐树林。
事件五十一:金追踪假面人来到了桐树林,向日种子进化成了向日花怪,打破了假面人的假面,露出了真面目,古柳老人。
事件五十二:小蓝为了解决九年前的事件,暗中调查来到了桐树林。却发现银独自来到了这里,并被假面人的爪牙,一树和梨花打败。
事件五十三:被带走的道馆训练家们被小赤所救,小赤和小绿会和,在娜姿的帮助下朝着桐树林前进。
事件五十四:一树和梨花叫来了凤王和洛奇亚助阵,小蓝叫出了三圣鸟与之对抗,途中与小赤小绿会和,一同对战假面人的爪牙。最终解放了凤王和洛奇亚。
事件五十五:小黄和钓鱼大叔漂流到了饲养屋,两只皮卡丘竟然生了一个蛋。但是火箭队残党袭来,中途与皮卡丘们丢散。
事件五十六:古柳成功制造出了“捕捉时间的精灵球”(gs球),并逃往时空中。金为了掩护皮卡丘们的蛋而慢了一步,最后通过金的手孵化出来的皮丘竟然可以用电击打开时空隧道!
事件五十七:石英高原,小霞马志士夏伯受伤严重,水晶带着水君雷公炎帝继续前进。
事件五十八:古柳为了捕捉雪拉比来到了桐树林最深处的门,与此同时小赤小绿小蓝小黄银和水晶都赶了过来。
事件五十九:古柳想办法将图鉴所有者们困住,用gs球捕捉了雪拉比,并开始了时空的穿越。
事件六十:同样在时空隧道的金此时和外面的银和水晶会和一起追踪古柳。
事件六十一:集合图鉴所有者所有的力量,金的皮丘使出了高压电击打赢了古柳。
事件六十二:古柳迷失在了时空隧道中,而金银和水晶顺利的回到了现实世界。金银篇完结。
金的队伍:火暴兽,长尾怪手,牛蛙君,向日花怪,巨翅飞鱼,胡说树波可比和皮丘
银的队伍:大力鳄,狃拉,刺龙王,暴鲤龙,圈圈熊,黑暗鸦。
水晶的队伍:大菊花,迷唇娃,艾比郎,派拉斯特,风速狗,天然雀。