天渐要亮时明军才发现他们处于海上的一场风暴之中，这时明军已经有数十艘船只倾覆了，海面上漂浮着大量的碎散的杂物，明军的阵型也变得凌乱不堪，上百艘船被吹得紧挨在一起，体型较小的船只抗风能力要差上许多，这时在海面上左摇右晃，摇摆不定，船只尚且如此，更别提船上的人了，水军将士已经吐得一塌糊涂，陆军士兵更是站立不稳，狂吐不止，更有几百名士兵抓持不牢从摇晃的船只上跌进了海里。

郑成功倒吸一口凉气，这场风暴是从正东方过来的，若是昨夜他不下令停船的话，后半夜里明军的船队就会正好驶进风暴的中心，而不是像现在这样只是在风暴的边缘了。

郑成功从小就在海上打拼，航海经验丰富，他见风暴渐渐向着东北方向去了，于是暂时不急着起锚航行，而是传下命令让各船统计一下损伤情况。

风力在缓慢减小，这时候雨势却越来越大，渐渐成了瓢泼大雨，落下的雨滴密密麻麻将视线都变得模糊起来，项玉心里十分着急，船队刚刚遭受一场风暴，许多船体受损严重，这个时候再来一场大雨，不只是船上的人员受不了，就连这些船只也经受不住。

郑成功看了一眼正东方，这正是他们的航行方向，远处的雨势似乎要比这边小上一些，他于是下令船队起锚向东前行。

这个时候明军很多船只的船帆都因为之前的大风收了起来，这个时候海上的风力依旧十分强劲，这就意味着船队不能使用风帆了，水手们只好纷纷跑到船舱下层，打开水线附近的舱板，伸出船桨，开始用力划桨，海上这时波浪很大，许多船桨一伸出去就被搅断了，海水也从船桨伸出去的开口处往船舱里面灌进来，水手们知道这样下去船只会撑不住，只好又关上了舱口，将舱底里面进的水都舀出去。

明军船只移动不了，只好再次放下船侧的锚。

明军被困在海上整整两天的时间，知道风暴过去，骤雨停歇，士兵和工匠们才开始出来检修船只，不久之后这一次风暴的损失的统计报告便递交到了郑成功的面前。

明军在这场风暴中一共损失了一百五十多条船只，主要是体型较小的装运物资的后勤船只，运兵船和水军的战船损失比较轻微，但是人员的损失也是十分惨重，一共有超过六千名士兵和船员失踪或者死亡。

郑成功看着这份报告，不由得想起了北伐的时候船队在吴淞口遭遇的那场风暴，一样是损失惨重，甚至是自己的儿子都惨遭不幸，而且那一次的北伐之征是失败了的，这让他不仅联想到这一次的出征台湾，一时悲恸不已，喷出了一口鲜血。亲兵和身旁的将领一看，纷纷急着将他扶进船舱，又忙着去找大夫过来给他把脉，一时乱成一片。

项玉自然是不知道这些事情的，他这时在船队中间的一条运兵船上面，这条运兵船比较大，在这次风暴中损失不大，即便如此，船上的陆军士兵这时都双腿无力，面色惨白的躺在船舱的各处空地，项玉的军队士兵被分成了两批，上了两艘运兵船，一共四百五十人，董江的士兵并没有来。